1. Obróbka głębokich otworów odbywa się w stanie zamkniętym lub półzamkniętym, więc stanu skrawania narzędzia nie można bezpośrednio obserwować.
2. Ciepło cięcia nie jest łatwe do rozprowadzenia. Ogólnie rzecz biorąc, 80% ciepła skrawania jest odbierane przez wióry w procesie skrawania, podczas gdy tylko 40% podczas wiercenia głębokich otworów. Narzędzie skrawające odpowiada za dużą część ciepła skrawania. Łatwo ulega dyfuzji późno i przegrzaniu, a temperatura krawędzi tnącej może osiągnąć 600 stopni. Dlatego należy przyjąć wymuszoną i skuteczną metodę chłodzenia.
3. Chipy nie są łatwe do rozładowania. Ze względu na głębokość otworu i długą drogę wióra łatwo się blokuje, co powoduje pękanie wiertła. Dlatego należy kontrolować długość i kształt wiórów oraz przeprowadzać obowiązkowe usuwanie wiórów.
4. Sztywność systemu procesowego jest słaba. Ze względu na ograniczenie rozmiaru otworu stosunek długości do średnicy otworu jest duży, rura wiertnicza jest cienka i długa, sztywność jest słaba, łatwo jest wytworzyć wibracje, a otwór wiertniczy jest łatwy do odchylenia, więc jest jest bardzo ważne, aby wspierać i prowadzić.
W celu prawidłowego wprowadzenia wiertła do wiertła zwykle przyjmuje się metodę obróbki otworu prowadzącego na obrabianym przedmiocie lub zastosowanie tulei prowadzącej, pierwsza stosowana jest do obróbki pojedynczych elementów, a druga do produkcji seryjnej. Błąd wiercenia głębokiego otworu spowodowany jest szczeliną pomiędzy końcówką a tuleją prowadzącą (otwór prowadzący) i wzrasta wraz ze wzrostem siły osiowej. Wpływ luzu między tuleją prowadzącą a wiertłem na błąd wiercenia. Na początku wiercenia siła promieniowa dociska blok prowadzący wiertło do ścianki otworu tulei prowadzącej. Ze względu na odstęp między nimi środek wiertła odbiega od środka obrotu przedmiotu obrabianego. W tym czasie średnica wierconego otworu jest mniejsza niż średnica wiertła. Gdy klocek prowadzący zaczyna wchodzić w obrobiony otwór, pod działaniem ścianki otworu o nieco mniejszej średnicy, zewnętrzna krawędź jest ściskana na zewnątrz, tak że środek wiertła jest przesunięty w kierunku przeciwnym do środka obrotu obrabiany przedmiot, dzięki czemu średnica otworu jest rozszerzona, a tarcie między klockiem prowadzącym a ścianą otworu jest ściskane, dzięki czemu moment obrotowy wiercenia wzrasta gwałtownie.

